為保證已做好的防水層在支模、綁扎鋼筋、澆筑混凝土、回填土等工序中不受損傷，防水層上應設置保護層。

頂板防水層上應作細石混凝土保護層，厚度不應小于70mm，為避免剛性保護層變形時，柔性防水層不受變形的影響，防水層與保護層之間應設置隔離層。

底板防水層上要進行底板扎筋、支模、澆筑混凝土等工作，因此底板防水層上應采用厚度不小于50mm的細石混凝土作為保護層。

地下室側墻防水層宜采用聚苯乙烯泡沫板、聚乙烯泡沫板等軟保護，或鋪抹1：3水泥砂漿作保護層。施工時，涂膜防水層在最后一遍涂料涂刷時，撒上細砂，卷材防水層在表面涂刷膠粘劑，撒上細砂，以增加水泥砂漿保護層與防水層間的粘結力，防止保護層脫落。